2977: El universo está inmerso en una gran batalla intergaláctica. 500 billones de humanos, cuyos antepasados fueron exiliados de la Tierra, planean volver a lo que todavía consideran su hogar. La Tierra se ha convertido en el planeta más valioso y con más recursos de todos, pero está controlada por la coalición Gaia que gobierna a la raza humana en toda la galaxia.
Después de haber sido desterrado y humillado, el capitán Harlock y su tripulación del crucero Arcadia tienen las fuerzas suficientes para volver y recuperar lo que es suyo. Son la única esperanza de la humanidad, solo ellos pueden descubrir los secretos de Gaia y acabar con ella. Ante la amenaza, el mayor propósito de la coalición se convierte en la muerte de Harlock. El nuevo líder de Gaia, Ezra, pide a su hermano pequeño, Logan, que se infiltre en el Arcadia para acabar con su capitán, el único problema que se interpone entre la coalición y su control total del universo. Logan tendrá que hacer un gran sacrificio por los suyos y descubrirá que las cosas no siempre son lo que parecen.
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